Ce n'est pas tres difficile a faire (en gros un flag que tu mets a 0 sur chaque ligne de la table cible avant l'update, tu prends les lignes une a une dans la table source, si la ligne existe dans la db cible tu l'update si necessaire et tu mets le flag a 1, si elle n'existe pas tu l'insert et tu mets le flag a 1, et a la fin tu supprimes toutes les lignes avec le flag encore a 0) mais ce n'est pas tres optimise et tres tres lent il est vrai ;)
Tu ne pourras pas transferer que les elements modifie avec un script php, pour faire ca il te faut un log de replay ;)